I principali obiettivi del CoNEF sono:
• Supportare i Servizi Fitosanitari nel monitoraggio sul territorio della presenza dei  parassiti/patogeni al fine di prevenirne la diffusione, segnalando tempestivamente presenze, proposte preventive ed interventi da effettuare.

• Fornire il proprio supporto alla creazione di un Sistema Informativo Territoriale contenente le informazioni sulla presenza dei parassiti/patogeni connessi con le emergenze fitosanitarie, al fine di avere a disposizione uno strumento di monitoraggio e valutazione della diffusione territoriale delle situazioni d’emergenza.

• Offrire la collaborazione ai Servizi fitosanitari per la progettazione ed erogazione di azioni informative, formative e di comunicazione.

• Favorire lo scambio di idee, esperienze e conoscenze tra i componenti del Coordinamento, i Servizi fitosanitari e gli altri attori coinvolti nella difesa fitoiatrica.

• Offrire la collaborazione ai Servizi fitosanitari, agli Enti Pubblici e privati di ricerca in campo fitoiatrico per la progettazione, applicazione, analisi e valutazione di protocolli sperimentali volti a testare l’efficacia delle diverse procedure terapeutiche.

• Favorire lo scambio di idee su problematiche inerenti la difesa integrata applicata a specifiche colture e in specifici areali produttivi al fine di formulare proposte agli Enti competenti deputati alla definizione delle Linee guida nazionali e dei Disciplinari regionali.  Al CoNEF hanno dato finora la propria adesione circa 50 dottori agronomi e dottori forestali ed altri potranno aggiungersi inviando una mail a conef@conaf.it.